Jakubisko a murit la Praga, oraşul în care a trăit, conform declaraţiilor fiicei sale, preluate de RTVS.

Regizorul a studiat filmul în anii '60 la Praga, devenind parte a Noului Val din cinematografia cehoslovacă. Filmul său de debut, "The Prime of Life" (Kristove Roky) a fost lansat în 1967.

Filmele sale au fost interzise după Primăvara de la Praga din 1968, o scurtă perioadă de liberalizare şi deschidere a regimului socialist din Cehoslovacia.

Jakubisko a revenit în scaunul regizoral în anii '80, când a distribuit-o pe soţia lui Federico Fellini, Giulietta Masina, în povestea "Perinbaba" (1985).

El a lansat "Bathory", primul său film în limba engleză, în 2008. Producţia spune povestea temutei contese ungare Elizabeth Bathory. După aceea Juraj Jakubinsko s-a orientat mai mult asupra activităţii de producţie, relatează Agerpres.